Czy ośrodki muszą przechowywać pliki .gml do aktualizacji baz danych przekazywanych przez wykonawcę?

Moim zdaniem tak. Nie znam przepisu, który pozwalałby na usuwanie takich plików.
Ośrodki są okresowo kontrolowane przez WINGiK. Wszystko zależy od zakresu kontroli, ale może ona polegać na sprawdzeniu czy wykonawcy przekazują pliki do aktualizacji i w jakim formacie.