Trochę mało danych.
Zakładam, że skoro "okazujesz" granice przy podziale, to granice te pochodzą z dokumentacji wymienionej w § 30 ust. 1 rozporządzenia egib a punkty graniczne opisujące te granice spełniają określone przez przepisy prawa standardy dokładnościowe - 0,10 m względem punktów poziomej osnowy geodezyjnej lub pomiarowej (§ 6 i 16 rozporządzenia w sprawie standardów).
Zakładam też, że dokonałeś stosownej analizy materiałów archiwalnych pgik - pod względem dokładności, aktualności i kompletności, a wyniki tej analizy wskazują na możliwość wykorzystania tych materiałów w celu osiągnięcia pracy (§ 7 standardy). Czyli współrzędne określające położenie punktów granicznych zostały określone w sposób poprawny w dokumentacji z zachowaniem odpowiednich procedur - nie stwierdzasz żadnych uchybień w dokumentacji archiwalnej.
W takim przypadku uważam, że odmienne użytkowanie nie jest przeszkodą do dokonania dalszych czynności. Z doświadczenia wszyscy wiemy, że granice wynikające z dokumentów a rzeczywiste użytkowanie gruntów bardzo często są rozbieżne. Zostawiłabym stosowną adnotację o której piszesz w protokole, a w sprawozdaniu szczegółowo opisałabym sytuację (dokonaną analizę, odmienne użytkowanie i oświadczenie właścicieli). Dodatkowo pouczyłabym zainteresowanych o możliwości skierowania sprawy do sądu biorąc pod uwagę art. 39 pgik.
Mając na względzie art. 39 pgik strony mogą wystąpić do sądu o rozstrzygnięcie sporu w tym zakresie (rozgraniczenie sądowe - rozgraniczenie w postępowaniu administracyjnym wykluczamy bo dokumenty określające przebieg granicy istnieją i są jednoznaczne).